La última cena había sido representada muchas veces con anterioridad, y quizá esto interesó a Leonardo, puesto que representaba el reto de crear su propia versión. Contaba con una pared completa para trabajar. Era ésta una pared en el salón de comida usado por los monjes en el monasterio de Santa María delle Grazie, en Milán. Usando perspectiva lineal, Leonardo designó una escena de tal forma que pareciese una continuación del salón de comidas. Cristo está en el centro de la composición. Todas las líneas arquitectónicas conducen hacia él, con su silueta en la ventana. Acaba de anunciar que uno de sus apóstoles lo traicionaría, y esto creó un intenso movimiento en la mesa. Solamente Cristo permanece calmado y silencioso, separándolo efectivamente de los demás. Los apóstoles están en grupos de tres, cada uno de ellos expresando incredulidad acerca de la aseveración de Cristo, excepto Judas. La tercera figura a la izquierda de Cristo, Judas, se levanta de la mesa y fija sus ojos en Cristo, con una expresión de cólera y desafío. Está aún más distanciado de los demás por el hecho de que su cara es la única que aparece en sombra. Los demás apóstoles, asombrados, se encojen en sus asientos, expresando sus negaciones y preguntas en formas diversas.

Conforme examinamos la pintura de Leonardo, nos topamos con una característica inusual. Los apóstoles están reunidos en el lado opuesto de la mesa. Ciertamente, no habrían podido estar cómodos en esa forma, y aún así ninguno se ha movido hacia el lado cercano, en donde hay más espacio. Leonardo escogió no diseminar sus figuras ya que esto habría reducido el impacto de la escena. En vez de esto, los junto, con el propósito de incrementar la acción y el drama.

Leonardo rompió con el esquema tradicional, incluyendo a Judas con los demás apóstoles. Anteriores trabajos usualmente lo mostraban parado o sentado en una orilla de la mesa, apartado de los demás. En vez de eso, Leonardo lo colocó junto con los demás apóstoles pero lo hizo fácil de identificar incluyéndole un perfil obscuro, que significaba la culpa. Esto era con el hecho de mostrar que Judas estaba separado de los otros en un modo espiritual más que en un modo físico.
 
 

Vasari nos relata que el superior del convento en el cual estaba pintando la pared se volvió impaciente con Leonardo mientras que pintaba la última cena. El pensó que el artista estaba tomando mucho tiempo en terminar la obra. Se molestó especialmente cuando se dio cuenta de que Leonardo gastaba largos periodos de tiempo contemplando la pintura en vez de trabajar en ella. Enfadado, el superior fue a quejarse con el Duque de Milán. Después de oír las quejas en contra de su persona, Leonardo se defendió diciendo que los hombres de genio a veces producen más cuando no están trabajando en absoluto. El Duque no encontró razones para quejarse de ese argumento. Después, Leonardo continuó diciendo que dos cabezas le estaban dando grandes problemas: La de Cristo y la de Judas. El hubiera buscado un modelo para Judas, pero era improbable que encontrara un hombre tan loco y depravado como aquel que traicionó a Cristo. De todas formas, se apresuró a decir, que siempre podría pintar la cara del problemático superior!

Ciertamente es una fortuna que la pintura de Leonardo, la última cena, aún existe. A través de los siglos, ha sufrido de una gran cantidad de abuso y negligencia desde que fue terminada. Después de la muerte de Leonardo, otros artistas han tratado de repararla, pero han usado colores erroneos. Conforme los años pasaron, la pintura se volvió menos y menos intensa en color. En cierto momento, un monje en el monasterio ordenó colocar una puerta en la pared. La marca de esa puerta puede aún ser vista en el fondo de la pintura. Años más tarde, la armada de Napoleón penetró en Italia, y el salón de comida fue convertido en un hogar temporal para los soldados. Éstos últimos de distraían tirando sus botas contra el rostro de Judas. Después, durante la Segunda Guerra Mundial, el monasterio fue bombardeado, y el salón de comidas sufrió un impacto directo. Solamente una pared, protegida por sacos de arena y un marco de acero, quedó en pie - aquella en la que estaba pintada la obra maestra de Leonardo -.Aún a salvo, pero con profundas cicatrices, la pared fue cubierta con un lienzo. La humedad se generó debajo del lienzo, y cuando éste fue removido se encontró que la pared estaba cubierta por un musgo blanco. Después de la guerra, los trabajos de restauración duraron dos años. El trabajo para restaurar ésta pintura continúa aún hoy.